Proceso de Independencia Desde las últimas décadas del siglo XVIII, en diversas regiones de América Latina, tuvieron lugar varias rebeliones en contra del dominio español, algunas más exitosas que otras. En Centroamérica, el sentimiento de independencia comenzó a crecer entre los criollos, que influidos por las ideas liberales de la Ilustración, veían en el proceso de independencia de los Estados Unidos y en la Revolución sa un ejemplo a seguir. Se sabe que líderes del movimiento independentista centroamericano como José Matías Delgado, José Simeón Cañas y José Cecilio del Valle, eran conocedores de las ideas de libertad individual e igualdad ante la ley propugnadas por la Ilustración.
En la primera década del siglo XIX, las autoridades coloniales españolas realizaron una serie de medidas fiscales y económicas impopulares, como el aumento de tributos y la consolidación de deudas estatales, para financiar las guerras europeas de la Corona española. Estas medidas acrecentaron el sentimiento de independencia entre los criollos. Los historiadores consideran que el fenómeno que sirvió como detonante al proceso de independencia de Centroamérica, fue la Invasión Napoleónica a España en 1808 que significó el colapso temporal de la autoridad real. En el período de 1808 a 1814, se produjeron varios importantes alzamientos en el territorio de la Intendencia de San Salvador: El Alzamiento del 5 de noviembre de 1811. Fue vencido en diciembre de 1811. Conocido como el Primer Grito de Independencia, fue encabezado por José Matías Delgado, Manuel José Arce y los hermanos Aguilar en San Salvador. Se extendió en los días siguientes del mes de noviembre a las ciudades de Santiago Nonualco, Usulután, Chalatenango, Santa Ana, Tejutla y Cojutepeque. Hubo 2 alzamientos relacionados con éste, que adquirieron relevancia, el del 20 de diciembre de 1811, ocurrido en Sensuntepeque, y el del 24 de noviembre de 1811, ocurrido en la ciudad de Metapán. El Alzamiento de 24 de enero de 1814, ocurrido en San Salvador, no tuvo éxito y la mayoría de los líderes independentistas fueron arrestados; siendo uno de ellos, Santiago José Celís, asesinado. En este movimiento hubo una amplia participación popular.
Independencia y Federación Centroamericana El 15 de septiembre de 1821, en una reunión en la Ciudad de Guatemala, los representantes de las provincias centroamericanas declararon su independencia de España y conformaron una Junta Gubernativa provisional, presidida por el antiguo Capitán General español, Gabino Gaínza. La noticia de la independencia llegó a San Salvador el 21 de septiembre. Al concretarse la independencia centroamericana, solamente le quedaban tres opciones a la naciente unión de provincias: primero, conservar la unidad de las provincias; segundo, independizarse en naciones bien definidas; o tercero, anexarse al Imperio Mexicano de Agustín de Iturbide. La noticia de la independencia desconcertó a la mayoría de los grupos conservadores en las distintas provincias y ayuntamientos de Centroamérica. La preocupación de los sectores conservadores se tranquilizó cuando las autoridades de Guatemala recibieron una carta de Iturbide, quien se había proclamado Emperador de México, invitando a Centroamérica a unirse al imperio. Sin embargo, y a pesar que en dicha acta se estipulaba la convocatoria a un congreso para decidir el gobierno de las provincias, las autoridades guatemaltecas y adeptos al Plan de Iguala dispusieron la anexión al Imperio Mexicano el 5 de enero de 1822. La facción salvadoreña se opuso a la decisión por sus ideas republicanas, pero no pudo impedir que San Salvador acabara anexada al Imperio, aunque por breve tiempo, ya que Agustín de Iturbide abdicaría al trono. El 1 de julio de 1823 se proclamó la independencia absoluta de las antiguas provincias de Guatemala que pasaron a llamarse Provincias Unidas del Centro de América y cuya Asamblea Constituyente era presidida por José Matías Delgado. A finales de ese año y principios de 1824, la Alcaldía Mayor de Sonsonate y posteriormente la localidad de Ahuachapán, se anexaron a la provincia salvadoreña. La República Federal de Centro América se constituyó el día 22 de noviembre de 1824, y El Salvador era uno de sus cinco Estados. No obstante, el 12 de junio de ese mismo año los salvadoreños se habían apresurado a emitir su propia constitución, para contrarrestar cualquier asechanza del centralismo guatemalteco. A pesar del régimen federal, en el territorio aún prevalecía la vieja rivalidad entre los provincianos, que deseaban mantener la autonomía ante el mismo poder federal, y los conservadores guatemaltecos, que pretendían conservar su hegemonía en la región. Tal antagonismo, sumado a la economía precaria, deficientes sistemas de comunicación, y una fuerza armada frágil, dificultó la existencia de la República hasta provocar dos guerras civiles entre los años 1826-1829, y 1830-1842. También en El Salvador ocurrió un levantamiento indígena acaudillado por Anastasio Aquino. Con el éxodo de Francisco Morazán en 1840 —presidente centroamericano que tenía simpatizantes en El Salvador y quien se esforzó en implantar medidas liberales
extremas en la nación—, acabó la República Federal. El 2 de febrero de 1841, El Salvador se proclamó como Estado soberano e independiente.